Uzumaki Naruto je kluk, sirotek, ze Skryté Listové vesnice, je uřvaný, hyperaktivní a neustále se snaží získat uznání od ostatních. Jeho snem je stát se šéfem vesnice, tak zvaným Hokagem. Příběh začíná tím, že Naruto dokončí zkoušku na ninja akademii a stane se tak ninjou. V týmu s ostatními plní různé více či méně nebezpečné mise (od venčení psů až po zabíjení super nebezpečných zločinců). Naruto je na začátku velmi neoblíbený, protože je do něj zapečetěný démon Kyuubi (liščí démon), který vyvraždil půl Listové vesnice. On sám to až do svých 12 nevěděl. Postupně se ale s ostatními sbližuje a vytváří si přátele. V podstatě celá série je založena na postupném vývoji nejen Naruta, ale i ostatních postav. Dozvíme se hodně o jejich historii, vztazích a dovednostech. Hned na začátku se dozvíme, že Naruto miluje kamarádku z akademie, Haruno Sakuru (Haruno Sakura), která ovšem jeho city neopětuje a snaží se sbalit dalšího z hlavních hrdinů, Uchihu Sasukeho (Uchiha Sasuke). Ten pro změnu zase nechce ji. Jindy se zase dozvíme o drsném mládí Sasukeho, kdy celý jeho klan byl vyvražděn. Velká část příběhu vypráví o Chuuninské (čti čůninské) zkoušce, kdy se rozhoduje o tom, kteří ninjové povýší na další hodnost.